Theo Quyết định của Cục Bảo vệ thực vật, Trung tâm Khảo kiểm nghiệm Phân bón Quốc gia sẽ là một trong những đơn vị được ủy quyền nhà nước kiểm tra nhà nước về chất lượng phân bón nhập khẩu từ ngày 19/8/2020 - 18/8/2021 theo quy định tại Điều 21, Nghị định số 84/2019/NĐ-CP ngày 14/11/2019 của Chính phủ về quản lý phân bón.

Bên cạnh việc được ủy quyền kiểm tra nhà nước chất lượng phân bón nhập khẩu, trước đó Trung tâm Khảo kiểm nghiệm Phân bón Quốc gia cũng đã được Cục Bảo vệ thực vật và Bộ KHCN chỉ định được phân tích, chứng nhận hợp chuẩn hợp quy và khảo kiểm nghiệm các sản phẩm phân bón hữu cơ, vô cơ.